在线数据库UALCAN绘制SCI级箱式图和KM生存曲线,科研小白直呼香

使用在线数据库UALCAN绘制SCI级箱式图和KM生存曲线,科研小白直呼真香!

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以下文章来源于A科研显微镜 ,作者eryun

在线数据库UALCAN绘制SCI级箱式图和KM生存曲线,科研小白直呼香

还在苦恼别人文章中高大上的箱式图和KM生存曲线是如何得到的么?

今天小编就来教你一个超级简单的方法,一看就会。

我们往期也做了很多作图小技巧的分享,有兴趣的可以查阅往期内容回顾。

欢迎关注和转发,更多干货等着你。

如何使用UALCAN在线分析数据库绘制基因表达的箱式图和KM生存曲线?

UALCAN数据库(http://ualcan.path.uab.edu/index.html) 是一个全面的,用户友好的,交互式的网络资源分析癌症组学数据。它有以下几大好处:

1)可以使用UALCAN数据库方便地访问公开癌症组学数据(TCGA、MET500 CPTAC和CBTTC)。

2)允许用户识别生物标志物或对基因的表达进行验证。

3)提供图形和情节描述为编码蛋白质的表达谱和患者生存信息,mirna编码和lincrna编码基因。

4)通过启动子甲基化评估基因表达的表观遗传调控。

绘制箱式图

1.打开UALCAN数据库,选择【CPTAC analysis】

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2. 输入我们的目标基因,这里以FGF2为例;选择我们的研究癌症,这里以肺腺癌为例;点击【Explore】

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3. 选择【Total-Protein】,即可出现FGF2在肺腺癌中的蛋白表达情况,结果发现FGF2在肺腺癌癌旁组织中表达量高于肿瘤组织。

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绘制KM生存曲线

1. 同样的操作,打开UALCAN数据库,选择【TCGA】

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2. 输入我们的目标基因FGF2;选择我们的研究癌症肺腺癌;点击【Explore】

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3. 选择【Survival】,即可出现FGF2的表达水平与肺腺癌患者预后的关系,结果发现FGF2在肺腺癌中的表达水平与患者预后没有显著相关性,p>0.05。

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关于使用UALCAN数据库绘制箱式图和KM生存曲线,你学会了么?

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