研发项目因其特殊性，往往需要两个或多个单位联合实施，工程公司与高校或科研单位的合作较为多见，工程公司与高校合作研发项目的具体实施机制，可参考如下方案。
一、项目的组织管理措施及制度体系建设
为保证项目按计划实施，须规范项目的管理程序，项目一般采取项目负责人责任制；较大较复杂的项目下，一般还需要分解成若干个课题，课题组实行组长负责制；课题组组长受项目负责人领导约束，项目负责人与课题组长签订有约束力的合同。
具体组织管理措施如下：
（一）细化项目组内部管理
成立项目组，成员包括技术顾问、外聘专家及所有参与人员。项目负责人全面负责本项目的管理工作，整体运作协调项目的技术研究和应用示范；项目组设副组长，副组长协助项目负责人开展工作，重点负责技术方案的制定和实施。根据研究内容的不同，项目组下设若干课题组，按照项目计划安排和进度要求，开展从科研到示范工程的各项研究内容和各个环节的工作。各课题组有明确工作目标、职责责任和具体分工，彼此间又有密切配合与合作，以实现项目的研究目标。
为保证项目的有序进行，项目实行目标管理与全过程管理相结合的管理方式，明确目标与责任，对项目的研究内容和目标进行分解，形成以不同技术研究内容为划分标准的课题组，并明确课题组长。课题组长具有承担完成好项目所规定任务的全部责任。课题组长负责组织制订切实可行的课题实施计划，并随时检查，发现问题及时解决。
（二）定期检查交流
根据制定的目标和计划，定期检查进度执行情况。每个月检查一次各课题进度执行情况，每半年进行一次成果总结交流会，年末进行全年计划执行进度汇报。各课题组须服从总项目的整体安排，按要求及时、准确地提交高质量的研究进展汇报、成果总结报告、工程示范的技术资料、现场图片和音像资料、用户证明、分析报告、设备图纸及其它研究进展和研究成果的标志性材料。
（三）建立奖罚分明的绩效激励机制
建立绩效奖惩制度并公布实施；对任务完成好、整体贡献大的课题组将在经费、成果排名等方面给予奖励。对不能完成合同所规定的各项技术经济指标、中途擅自退出的课题组和负责人，追究相应的责任。由于组织不利、不能配合工作、对项目造成不利影响的课题组长，项目负责人有权取消其组长资格，必要时追究其相应责任。
二、产学研结合模式
大部分研发项目，尤其是横向项目，均可采取技术研发、设备加工和工程化应用共同组成联合攻关课题组的方式，这种方式统一协调和组织实施，并对项目研发目标和内容、研发技术路线和产品、设备质量把关，相互配合，发挥各自优势，形成强大的研究、开发、生产一体化的先进系统并在运行过程中体现出综合优势，同时能够确保项目经费专款专用，保证项目进展顺利。
以工程公司与科研院校合作为例，各单位承担的工作内容分别为：
工程公司承担内容为：项目的组织实施，总体技术路线的设计，项目拟工业化的典型工业过程能效诊断与系统优化技术研究，典型成套技术与装备研究，示范工程的设计、安装、调试。
科研院校承担内容为：过程能效诊断及设备机理研究，参与总体技术路线的设计及示范工程建设，参与总体技术路线的设计及示范工程建设。
三、知识产权与成果管理及权益分配
各参加单位应严格遵守国家、所在省市关于工程项目管理的相关规定，分工协作，共同协商，建立完善的数据成果交流机制。
其中关于知识产权与成果管理及权益分配可参考方案如下：
（一）因实施项目所产生，并由相关单位分别独立完成的阶段性技术成果及其知识产权的权益分配，参照以下标准执行：
1、完成单位享有独立申请专利、发表学术论文的权利。
2、专利申请被批准并授权后，获得的专利权为完成单位单独享有，并具有将该专利单独实施、授权他人实施或转让给其他单位或个人的权利。
3、因实施该专利而获得的收益由该单位独享；将该专利授权他人实施或转让给其他单位或个人的，收取的专利使用费或专利转让费由该单位独享。
4、由各单位独立完成的科研成果发表成学术论文的，通讯作者和参与论文写作的作者署名顺序由独立完成单位内部自行协商决定。
（二）因实施项目所产生，并由两个或两个以上单位共同完成的阶段性技术成果及其相关知识产权的权益分配，参照以下标准执行：
1、申请专利、发表学术论文的权利为合作完成项目的全部单位所共有。
2、成果完成各单位如有一方声明放弃专利申请权，其他合作单位可以共同申请，成果被授予专利权以后，放弃专利申请权的一方可以在不侵犯其他各方利益的前提下免费实施该项专利。
3、成果完成各单位中，一方不同意申请专利，且理由充分的，其他各方单位不应申请专利。
4、专利申请书上的申请人顺序，由申请单位根据对成果所作贡献自行协商决定，并以书面形式明确权利分配。
5、专利申请被批准并授权后，所有申请单位为获得的专利权共有人，该专利的共同实施、授权他人实施或转让给其他单位或个人所获得的收益、专利使用费或专利转让费由专利权共有人共同分配，分配比例由专利权共有人根据对专利成果所作贡献事先共同协商决定，难以分清贡献大小时，以各单位负担专利申请费与维持费的比例确定。
6、确定专利使用费分享的比例时，应当考虑各单位在合作中所提供的人力、资金、仪器、设备、情报资料等物质条件多少等因素。
7、拥有专利权的任一单位可以在非商业前提下单独实施该专利，但为满足商业目的而实施该专利必须获得专利权的其他共有人的书面同意，并明确由实施此专利所获得的收益在各单位的分配。
8、拥有专利权的任一单位在项目结题两年后具有独自在该专利基础上进行改进和创新而取得新的专利成果的权利，由新专利带来的收益归该单位独享。
9、由两个或两个以上单位共同获得的成果发表成学术论文的，通讯作者和参与论文写作的作者署名顺序由共同完成单位协商决定。
四、风险管控及对策
合作研发项目必须从技术风险、市场风险、政策风险等几个方面分析项目实施可能面临的风险并提出对策。
在技术研发过程中, 由于技术研发的不确定性和技术未来发展情况，会给项目带来技术风险。项目的创新性高，多个创新点集成难度较大，技术先进性高，技术可靠性和技术成熟度就会存在较大的风险, 技术开发难度也会增加。针对存在的技术风险，一方面采取强强联合的方针，选择研发、生产实力强的单位组成研发团队，保障技术可靠性，另一方面，采取多个技术方案同时研究的办法来降低风险，当某个方案开发失败时,而组合内不受影响的其他方案会弥补损失, 因此能够降低项目开发风险和损失，分散技术创新的风险。
市场是对创新项目成果检验的最好评价，项目的经济效益会在这一阶段实现, 但是技术创新成果市场化充满着很多的不确定性，很容易因为市场环境的变化，使项目研发成果失败。项目面临的市场风险主要在于用户对技术市场需求变化的风险，同时新技术、新产品替代老的技术产品也需要一个过程，市场对项目技术接受的过程时间长短也是项目存在的一个市场风险。针对存在的市场风险，加强质量管理，开发的技术具有更强的竞争力，是有效降低市场风险的途径之一，同时采取多个技术方案进行研究的方式，也能够有效分散市场需求变化部分的风险。
政策风险是指受政策、法律、法规等的影响, 使项目的研发和转化出现损失的风险。国家政策和法律法规的变动, 会严重影响项目的收益, 有时甚至会使项目陷入失败境地。项目的政策风险主要存在于政府政策支持的变化，宏观经济运行环境的变化，行业发展情况的变化等。针对一般项目而言，要密切关注国家政策及法律法规的变化，研究行业的动态动向，及时调整研发项目的目标进度、技术要求等相关内容，从而有效规避政策类的风险。
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